Najcenniejsze relikwie trafiły do Zamościa za sprawą Jana Zamoyskiego. W 1589 r. sprowadził on relikwie św. Tomasza Apostoła, patrona miasta, a w 1595 r. rąbek szaty (velum) Najświętszej Maryi Panny.
Relikwie, było ich 71, przechowywano w pałacu ordynackim. W 1622 roku przeniesiono je do kolegiaty (obecnie katedry), do Kaplicy Relikwii pw. Św. Marii Magdaleny. Od 1715 r. obchodzono w zamojskiej kolegiacie specjalną uroczystość relikwii. Sława i kult relikwii były wówczas ogromne. Przybywały więc kolejne. W roku 1817 było w kolegiacie już 81 relikwii, wśród których miały się znajdować m.in. cierń z Korony Chrystusa oraz relikwie świętych. Obecnie w katedralnej kaplicy znajduje się 30 relikwiarzy. Część prezentowana jest w Muzeum Sakralnym Katedry Zamojskiej.
Relikwie przechowywane są również w innych zamojskich kościołach. W kościele św. Katarzyny znajduje się część żebra św. Andrzeja Boboli i relikwie św. Teresy z Lisieux. W kościele św. Michała Archanioła i kościele św. Brata Alberta można zobaczyć relikwie św. Ojca Pio. W kościele św. Krzyża znajduje się relikwiarz z cząstką drewna z krzyża świętego. Kościół Matki Bożej Królowej Polski posiada relikwie św. Faustyny i św. Jana Pawła II. W kościele św. Bożej Opatrzności są relikwie św. Rity. Kaplica przy szpitalu Jana Pawła II posiada relikwie św. Jana Pawła II. W cerkwi pw. św. Mikołaja Cudotwórcy umieszczono relikwie urodzonego w Zamościu św. Romana Wyznawcy (Roman Miedwied).
