Historia zamojskich szpitali jest prawie tak samo długa jak dzieje miasta. Wraz z rozwojem hetmańskiego grodu, pojawiła się konieczność zorganizowania opieki medycznej dla mieszkańców, których nie było na nią stać. W XVI wieku istniały w Zamościu dwa szpitale pełniące funkcje przytułków dla ubogich. Najstarszy z nich był prowadzony przez franciszkanów przy kościele św. Krzyża. Przez wieki opieką najuboższych w Zamościu zajmowali się głównie bonifratrzy, później ich funkcje przejęły szarytki. W 1826 roku wybudowano nowy szpital miejski św. Łazarza, który sześćdziesiąt lat później został zastąpiony przez szpital św. Mikołaja. Ta placówka po I wojnie światowej stała się szpitalem powiatowym , a od 1976 roku funkcjonowała jako Wojewódzki Szpital Zespolony. W latach dziewięćdziesiątych była jedną z największych w kraju. Pod obecna nazwą, jako Zamojski Szpital Niepubliczny sp. z o.o. rozpoczęła swoją działalność 1 stycznia 2005 roku.
Nie jest to jedyny szpital funkcjonujący w mieście idealnym. W roku 1978 została podjęta decyzja o budowie nowego Szpitala Wojewódzkiego w Zamościu. Został on utworzony dopiero 12 lat później, w 1989 roku. Wtedy też otrzymał imię Jana Pawła II. Rozpoczęcie działalności szpitala przyspieszyła dotacja przyznana w 1991 roku przez rząd Włoch. Została ona przeznaczona na wyposażenie w sprzęt i aparaturę medyczną. Pierwsze cztery poradnie otwarto 9 września 1999 roku. Rok później zaczął funkcjonować oddział kardiologiczny. Oficjalne zakończenie inwestycji i symboliczne uruchomienie całego szpitala z udziałem minister zdrowia Włoch Rosy Bindi nastąpiło 12 marca 1999 roku. Trzy miesiące później placówkę poświecił papież Jan Paweł II. Obecnie szpital posiada kilkanaście oddziałów i jest doceniany w całej Polsce. W roku 2011 Samodzielny Publiczny Szpital Wojewódzki im. Papieża Jana Pawła II został uznany za najlepszy szpital ogólny w konkursie „Rzeczpospolitej” i Centrum Monitorowania Jakości w Służbie Zdrowia.
Nie można mówić o opiece zdrowotnej w Zamościu nie wspominając o Tadeuszu Onyszkiewiczu – znanym chirurgu, społeczniku i wieloletnim dyrektorze zamojskiego szpitala. Urodził się w 1906 we Lwowie, tam też ukończył studia na Wydziale Lekarskim Uniwersytetu Jana Kazimierza. Na początku 1939 roku objął stanowisko ordynatora Oddziału Chirurgicznego Szpitala Rady Powiatowej w Zamościu. Podczas II wojny światowej działał jako uczestnik ruchu oporu, operował rannych partyzantów, przechowywał i leczył Żydów. Po zakończeniu działań wojennych nadal pełnił funkcję ordynatora, a od 1 kwietnia 1946 dyrektora Szpitala Powiatowej Rady Narodowej w Zamościu. Za jego kadencji szpital został rozbudowany do jedenastu oddziałów w czterech pawilonach. Od 1956 był również konsultantem w zakresie chirurgii w Wydziale Zdrowia, a od 1958 Miejskim Inspektorem Lekarskim ds. orzecznictwa lekarskiego. Ze stanowiska dyrektora Tadeusz Onyszkiewicz został odwołany w 1972 roku. W maju 1976 przeszedł na emeryturę. Tadeusz Onyszkiewicz przez dwadzieścia pięć lat był miejskim radnym, należał do grupy inicjatorów i organizatorów powstania w Zamościu filii Uniwersytetu Marii Curie-Skłodowskiej. Od 1965 był wiceprezesem Powiatowego Komitetu Współpracy z Okręgową Komisją Badania Zbrodni Hitlerowskich. W 1979 otrzymał tytuł członka rzeczywistego Lubelskiego Towarzystwa Naukowego. Zmarł w Zamościu 21 listopada 1989 roku.