5 kwietnia 1594 roku ukazała się Odezwa do Polaków, obwieszczająca powstanie w Zamościu nowej uczelni Akademii Zamojskiej. Był to pierwszy druk oficyny akademickiej. W tym samym roku ukazały się jeszcze dwa podręczniki szkolne: św. Augustyna De grammatica liber pro elementaris Hippei Samosciani oraz Donata Grammatica pro elementaris Hippei Samosciani. Druki wytłoczono za pomocą zasobu typograficznego drukarni krakowskiej Mikołaja Szarfenberga, nie używanym później w zamojskiej drukarni. Po wydaniu trzech druków, drukarnia zawiesiła działalność, prawdopodobnie przez nieobecność Jana Zamoyskiego, który w 1595 r. wyruszył na wyprawę wołoską.
Od 1597 roku datuje się najlepszy okres dla zamojskiej drukarni. Pozyskano nowego typografa Marcina Łęskiego. Od Jana Januszowskiego, właściciela krakowskiej Drukarni Łazarzowej, dostarczono nowe czcionki. Wydrukowano pierwsze wydanie Sielanek Szymona Szymonowica, Statuta Regni Poloniae In Ordinem Alphabeti Digesta Jana Herburta. Drukarnia zaspokajała potrzeby Akademii Zamojskiej, wydawano dzieła profesorów akademickich, podręczniki, dysertacje, panegiryki. Drukowano podręczniki i traktaty Tomasza Dreznera, Ursyna Piechowicza. Po śmierci Jana Zamoyskiego w 1605 roku, zgodnie z testamentem patrona, drukarnia stała się własnością Akademii Zamojskiej. W latach 1616 – 1711 drukarnią kierowali typografowie: Krzysztof Wolbramczyk, Szymon Niziołkowicz, Andrzej Lob, Andrzej Jastrzębski, Sebastian Wierzchowski, Teodor Lubowieński, Stanisław Krasiński, Szymon Prątkiewicz, Krzysztof Pałecki, Bartłomiej Brzeziński, Jan Jarmużewski, Jan Rutkowski, Maciej Nekowicz.
W 1627 r. wielki pożar w Zamościu nie oszczędził zamojskiej oficyny. Uległy zniszczeniu prasy drukarskie oraz znaczna część zasobu typograficznego, co spowodowało prawie siedmioletnią przerwę w działalności.
Pod koniec XVII wieku coraz bardziej stawał się widoczny upadek Akademii Zamojskiej, równocześnie i oficyna obniżyła swój poziom. Publikowano coraz częściej kalendarze, panegiryki, kazania.
Po likwidacji Akademii w 1784 roku i przekształceniu jej w Liceum Królewskie drukarnia kontynuowała działalność na rzecz nowo utworzonej szkoły. Wypadki wojenne w 1809 roku przerwały dalszą pracę zamojskiej drukarni.
W okresie prawie dwuwiekowego istnienia drukarnia akademicka wykonała ponad 1500 druków, wydanych w języku polskim, łacińskim i greckim.