Mieści się pod adresem Rynek Wielki 2 i jest najstarszą, działającą niemal nieprzerwanie od 1609 roku, apteką w Polsce. Nazwę Rektorska na cześć swojego założyciela otrzymała dopiero 28 października 1976 r.
Twórcą apteki był Szymon Piechowicz, jeden z pierwszych studentów Akademii Zamojskiej. Studiował także w Akademii Krakowskiej, gdzie uzyskał stopień bakałarza sztuk wyzwolonych. W 1603 r. otrzymał powołanie na katedrę logiki w Akademii Zamojskiej. Wyjechał na studia do Włoch. Tam na uniwersytecie w Padwie 25 lutego 1609 r. uzyskał dyplom doktora medycyny. Po powrocie do Zamościa objął w Akademii katedrę medycyny. W latach 1611-1624 był siedmiokrotnie wybierany na jej rektora.
Piechowicz był właścicielem kamienicy z apteką do 1651 roku. W 1783 roku kamienicę za 1662 złote nabył Jan Nachtygal. Od 1809 roku apteką zarządzał Jan Kanty Terlecki. W 1842 roku wdowa po Terleckim sprzedała aptekę Janowi Kłossowskiemu. Od 1 lipca 1925 r. dzierżawcą apteki był Feliks Łaganowski, który w marcu 1948 r. został jej właścicielem i był nim aż do upaństwowienia aptek
w 1951 r.
Apteka na przestrzeni ponad czterystu lat wielokrotnie przechodziła z rąk do rąk, popadała w ruinę, poddawana była remontom. Groziło jej nawet zamknięcie. Póki co trwa… i choć częstych wizyt
w aptekach nie polecamy, do tej Perły Zamojskiej powinniśmy od czasu do czasu zaglądać. Choćby do Izby Pamięci, w której zgromadzono kilkaset zabytków, m.in. mikroskop z 1888 roku, bogaty zbiór książek i dokumentów oraz biedermeierowskie, dębowe gabloty i regały apteczne. Izba Pamięci udostępniana jest na życzenie w godzinach otwarcia apteki.
