Odkąd na szkołę zamojską spłynął, za pośrednictwem bulli rzymskiej, majestat uniwersyteckiego dostojeństwa (choćby na pozór tylko i dla oka!), – od tej chwili przyjmowała też ona na siebie wysokie, idealne uniwersytetu obowiązki: nie licowałaby zaś z rolą »wszechnicy«, przeznaczonej do wielkich celów cywilizacyjnych – taka ekskluzywność stanowa, kryjąca światło pod korcem, usuwająca kogokolwiek od dobroczynnych źródeł nauki i wiedzy.
Datująca swój początek od 15 marca 1595 r. Akademia Zamojska miała być – w myśl intencji fundatora – zakładem oświatowym kształcącym młodzież dla potrzeb kraju, przygotowującym ją do życia państwowego, dającym jej pełne tak zwane „wychowanie obywatelskie. Sekretarz legata papieskiego opisując w relacji swojej stolicę hetmańską, temi słowy o niej się wyraża: »Znajduje się w tem mieście Akademja publiczna, w której nauczają wszelkich nauk i dają stopnie doktorskie, oprócz teologji; – . do wszystkich nauk (z wyj. teologji) są też tam profesorowie«. Cele stawiane przed Zamojską Wszechnicą sformułował Zamoyski w odezwie przy jej otwarciu. Utworzona głównie z myślą o potrzebach młodzieży szlacheckiej miała uczelnia przyciągać młodzież wywodzącą się z niższych warstw społecznych. Dla tych uboższych studentów, reprezentantów ubogiej szlachty i mieszczaństwa, otworzył Zamoyski bursę zwaną Indigentium. Bursa funkcjonowała od początku istnienia Akademii. Indywidualność Zamoyskiego, jego wszechstronna troska o sprawy akademickie sprawiły, że żacy zamojscy objęci opieką bursy Indigentium uzyskali dobre warunki życia i nauki. Przebywający
w Zamościu w 1596 r. sekretarz legata papieskiego, Włoch, Bonifacy Vanozzi pisał o niej: Przy niej jest zgromadzenie zwane alumni: znaczna liczba wybranej młodzieży ubogiej kosztem tego pana jest utrzymywaną. Widać w nich dowcip i obiecywać sobie można po nich wyborne subiekta. Często ich odwiedza, sam się ich zapytuje i niespodziewanie na egzamina schodzi. Częstokroć grać im każe reprezentacje teatralne wyjęte po większej części z historii rzymskiej.
Co i kogo jeszcze widział Bonifacy Vanozzi w Zamościu? Siadało ze mną do stołu kilku dworzan, przydanych mi do kompanji… Najczęściej towarzyszyli mi: Doktor Juris, rodem Szkot; był on profesorem pandektów w Akademji zamojskiej, sprowadzony przez Kanclerza i utrzymywany z pensją roczną 400 talarów. Człowiek biegły, znający świat…